病理诊断是一种比较特殊的方法，因为它的诊断对象是细胞成分或组织成分，是目前临床上唯一能够确诊疾病的诊断方法，一直被誉为“金标准”或“金诊断”。
病理诊断思维与其他临床诊断思维不一样，前者是通过病变组织或器官的局部形态改变来判断疾病，将部分与整体相互联系而做出正确判断;而后者是医生运用已有的医学知识、经验和对疾病的认识过程而做出诊断。
两种思维方法相比较，病理诊断思维既有与其他临床诊断的共同之处，又有自己的特点。
1定性分析的局限性
病理诊断的思维主要是定性分析。
诊断病理学是一门形态学科，诊断的主要目的是对疾病的定性，难以定量，只能对有形态学改变的疾病，尤其是有特征和具有确定诊断性病变的疾病进行诊断。
对于无形态改变的功能或代谢性疾病，病理学检查则无意义。
这实质上是某些疾病中形态变化与功能代谢变化不一致的表现。
一次活检的病理学诊断只反映某一疾病发展中某一阶段的病理变化，多数疾病的发展具有多阶段性，有些疾病只在一定阶段才显示出其特征性变化，例如肠Crohn病只有在发现典型的裂隙样溃疡及肉芽肿性改变时才能做出准确的病理诊断。
蕈样霉菌病前期的镜下改变是非诊断性的，只有当其演变到肿块期、在真皮见到异性淋巴细胞和表皮内Pautrier脓肿时，才有可能做出病理诊断。
此外，形态变化具有一定的滞后：如心肌梗死，看到细胞核的变化一般需要4h左右，6h后才能凭肉眼辨认出梗死灶，如果取材样本中的病变处在非特征期，这就可能导致诊断上的漏诊和误诊[1]。
所以，定性的组织病理学诊断的局限性有时可使医生产生诊断不足或诊断过度，偶尔也可能发生判断失误，尤其是基层的中小医院，缺乏免疫组织化学、PCR、WestBlot等多种新技术方法的应用，仅用传统的显微镜进行定性分析，其诊断的局限性也就更突出了。
2主观循证的经验性
病理诊断主要是根据临床表现、手术所见、肉眼观察和光镜下细胞的形态、组织结构的特征做出的。
诊断过程中，相同的疾病必然会呈现出一些相同的形态特征，它们是该疾病发生发展过程中共同规律的体现。
同时，不同的疾病又各有特点，反映出患者疾病发生发展的独特方面，所以是一门依赖经验积累的诊断学科。
人们正是从对大量患者的个性的观察研究中，发现了疾病的共性和个性，并以此指导同类疾病的诊断。
病理诊断准确率的高低在相当程度上受病理医师的基本知识、对某一疾病的认识程度、阅片经验及逻辑思维的影响。
带有一定的主观性和经验性，这种影响对一些交界性病变的判断则表现得更为突出。
在这种情况下，病理医师的感性和直觉的成分增多，病变形态的不确定性(灰色病变)、诊断标准的人为性、武断性、观察者对图像识别和判断过程中的主观性，会导致同一张切片经不同的病理医师得出不同的结论。
例如，美国的翰霍普金斯医学院的外科学教授Bloodgood曾做过一个试验，他将60例乳腺交界性疾病的病例提供给一组病理医师各自进行诊断，试验得到的结果是：就疾病的良恶性而言，没有任何一个病例达成一致的认识。
这实质上就是认识论中认识与客观事物间存在差距的表现，当然也反映出观察者辩证思维的缺陷。
3综合判断的复杂性
由于病理学诊断不能像大多数临床检验一样在人群中抽样和统计学的基础上确定一个参考值范围加以遵从，属于经验性诊断，最终得出的诊断结论是一种极为复杂的综合判断，有时甚至是一种模糊的概念或思维，因此，某些疾病的病理学诊断具有不确定性。
同时，疾病的发生发展是一个动态过程，又给病理诊断过程增添了阶段性的难度。
在病理诊断中多数肿瘤是可以明确诊断的。
我们可以准确地推断肿瘤的起源、性质、组织类型、组织学分级等，但位于交界处时良恶性难以确定的病变，由于人的认知能力有限，疾病又在不断的发展变化中，即使是病理学专家也难以给出正确的诊断结果。
有资料表明：30%的疑难病例不能明确诊断[2]。
这时病理诊断只能是描述性诊断。
只有对病人实行追踪观察，掌握其演变规律，抓住其特征表露之时，也许能够得出更为恰当的诊断，并可及时提出治疗修正意见。
此外，疾病的病理学常表现出相似性、异型性等复杂变化。
送检标本是否具有代表性、取材的部位及技术、切片制作的质量、与临床医师的沟通、临床信息是否充足、客观准确可依从的诊断标准是否存在等，都会给病理诊断的正确性带来影响。
细胞或组织的形态千变万化，同一肿瘤可能出现不同形态，此已成为区分亚型的依据。
不同的肿瘤也可以有相似的形态变化，从而导致鉴别诊断困难。
有时甚至难以区分瘤样病变或恶性肿瘤。
在客观条件一致的情况下，不同病理医师对相同病理切片的观察并不能获得令人满意的一致性结论;同一医师相隔数日或数月后对同一切片观察后也可能得出不同、甚至完全相反的结论。
为了减少临床的质疑，病理医师只有对细胞和组织形态进行客观、科学的观察，注重知识结构的更新，及时掌握先进技术的原理和操作，与时俱进，真正地利用好现代化思维手段，才能不断提高自身的病理诊断水平。
